De Vrije Universiteit heeft een gedeelde medezeggenschap wat betekent dat zowel de medewerkers als de studenten een eigen vertegenwoordiging hebben, namelijk de ondernemingsraad (OR) en de universitaire studentenraad (USR). Beide organen zijn lid van het LOVUM.
De huidige OR heeft 21 leden die afkomstig zijn uit zowel het wetenschappelijk- als het ondersteunend personeel. De USR bestaat uit 11 leden waarbij voor iedere faculteit tenminste één zetel is geoormerkt.
Bepaalde onderwerpen zoals de hoofdlijnen van de begroting, de kwaliteitsafspraken en het onderwijs- en examenreglement worden besproken in de Gezamenlijke Vergadering. Dit orgaan is een eigen entiteit is en bestaat uit alle leden van de OR en de USR.
Op centraal niveau vindt door zowel de OR, USR, als GV maandelijks overleg plaats met het college van bestuur.